花了两天时间快速的看了一下单细胞的入门视频,于是兴冲冲的就想了两个方案就准备开搞了。没想到第一步就被拦住了
是的,没错,就是卡在了找数据的阶段。不得不说,现在的单细胞数据跟已经比较成熟的TCGA比起来还太弱鸡了。我在GEO上以肺癌作为关键词搜索单细胞的数据,没想到只有20来个内容,这么少的数据其实远远还谈不上数据挖掘。挖掘是从一堆数据里面,二十几个研究再过滤一下只有那么几个是符合的,接着问题又来了。
好不容易找到一个还不错的满足要求的数据,结果到下载的时候却发现,人家要么就不是10X而是in drop的研究,要么给的格式根本就不是10X的三个标准文件,找了一天下来都很难找到一个能下载的合适的数据。
不过这也从侧面说明了单细胞现在还是非常超前的技术,有着很大的发展前景。
无论怎么样,想做一个单细胞的分析最重要的还是找数据和处理数据了。这可能牵涉到不同的数据格式,我办公室的渣渣8G内存的电脑很多时候真的是无能为力。服务器还是必要的。
这周后面的时间就是继续学习,看看怎么下载和处理不同格式的数据。
毕竟,数据才是王道!
文章评论